事実だけをさっくり記しておこう。
AndroidManifest.xml
の
activity-alias
タグに
android:exported="false"
とつけると、「アプリケーションを選択」ダイアログの「常時」を選択しても、
設定を覚えてくれなくなります。マジ。

の

android:exported="false"

を削ったら現象が治りました。
信じるか信じないかはあなた次第。